《零度战姬》第二季（又名：零度战姬振动）故事围绕在和袭击人类的异次元体NOVA的战斗中失去了姐姐青井和叶的少年和哉‌。青井和叶是传奇中的潘多拉（能与NOVA作战的少女），和哉为了继承姐姐的遗志，进入了潘多拉的专门学校「杰尼提克斯」，并成为了「禁止接触女王」莎堤莱萨·艾尔·布丽姬的制御者，从此他的生活便大大改变了。